在顺利完成“解放思想”大讨论第一阶段的学习提高后，2008年6月5日，云南省农村科技服务中心召开了由“中心”领导班子、各科（室）负责人、党小组长共10人参加的“理论中心学习组”会议，正式将“解放思想”大讨论活动推向查摆问题的第二阶段。

“理论中心学习组”会议讨论邀请云南省科技厅党办的同志参加，“中心”领导和各科（室）负责人根据本人、本岗位、本科（室）、本党小组及分管科（室）的工作情况，紧密联系“中心”的改革发展实际，对思想观念、体制机制、工作作风、工作方法、工作实效等各方面存在的问题、矛盾及产生根源进行了深入剖析。

在会上，参会人员不论职位高低，对于存在的问题丝毫没有回避，不仅踊跃发言查摆问题，并且还将存在的问题、原因及解决办法做了书面的整理。通过深入剖析，大家总结出了“中心”目前存在的几个主要问题：一是努力学习业务知识、提高业务能力不足；二是领导干部的表率作用没有充分发挥；三是领导干部的工作作风还需要进一步转变。

面对这些问题，大家共同讨论谋划商议解决办法，最终决定：首先，要确保解放思想取得实效，关键要把领导班子建设的重点转移到思想政治建设上来，切实转变领导作风和工作作风，着眼解决实际问题，扎扎实实推进工作显实效。其次，要大力加强学习，以提高“执行力、创新力、凝聚力”为重点，不断增强贯彻落实科学发展观的自觉性和坚定性，提高“中心”科学发展的能力；最后，不论领导干部或普通职工，解放思想都要紧密联系工作实际，踏踏实实干事，干干净净做人，从自己做起、从现在做起、从具体事情做起，不搞空对空，真正以思想的解放带动创造力的释放，以观念的更新带动工作的创新，确保解放思想取得实效。